Каждый год, в одно и то же время, сидя на берегу озера, можно увидеть, как появляется Маленькая Планета – мир, в котором прошлое, настоящее и будущее соединяются воедино. Но возвращение доктора Эггмана не заставляет долго ждать! Он вновь решил претворить в жизнь свои хитроумные планы – он пришел за Камнями Времени, чтобы завладеть…временем.
Соник, разумеется, должен помешать злобному доктору сделать это. Он решил использовать Маленькую Планету для путешествия во времени. Теперь ему необходимо возвратиться в прошлое, разрушить приспособление Эггмана и найти пропавшие Камни Времени!