Марс. Пятьдесят лет после событий «Red Faction: Geurilla». Регуляция климата на планете полностью нарушена из-за уничтожения терраформера. Теперь люди попросту не могут находиться на поверхности планеты, вследствие чего начали создавать сеть подземных сооружений.
Главный герой игры Дариус Мейсон, работающий в подземном центре колонистов, постоянно подвергается опасному воздействию климата из-за постоянных прогулок по поверхности планеты (работа такая). В старом храме Мародеров он случайно открывает шахту, откуда, тотчас же, выбрались древние силы зла. Теперь всем колонистам грозят неприятности, и для их устранения Дариусу с Красной бригадой придется уничтожить силы зла.